台灣日本綜合研究所（以下簡稱本所）乃財團法人日本文教基金會所屬，從事日本全方位研究，並提供有關日本情報與智慧服務的民間公益學術文化機構。本所的創立宗旨，在於結合學術與產業等各界俊彥與力量，從事日本有關文、史、政、教、經、貿、科技以至軍事等全面性的綜合調查、研究、分析，且隨時留意日本與國際間的互動狀況，用以促進台日關係及經濟、文化交流，裨益學術研究之發展，以期實現「為人類文明‧繁榮‧和平而貢獻智慧…」。
2000年元月台灣日本綜合研究所成立。
促進國家社會全體的進步與繁榮。
增進中日之間的交流與瞭解。
提升國民文化藝術的水平與素養。
促進兩岸人民的瞭解與和諧。
增進島內臺灣人民互信、互諒與共識。
舉辦各種學術研討會，探討現況問題。
提倡學術平民化，成立各種研習講座。
加入WTO後提供政府與民間的對應能力。